東京にある納骨堂の中には地下街に直結したビルの中に施設を設けているところもあるようですが、このような施設は地下鉄などを降りてから施設までの間は外に出なくても良いので、天候が悪いときの法事・法要、そして日常的なお墓参りのときにも便利な環境といえましょう。また、東京はコンクリートジャングルと呼ばれることもある場所ですが、納骨堂がある場所は周りに緑が豊富にあって植栽により四季折々の風景を楽しむことができる、景観にもこだわっているところもあるなどさまざまです。寺院が経営しているところもありますし、専門の会社が利用者のためのサービスを提供していて、提携している寺院に僧侶によるお経を唱えて貰えるなどのサービスを行っているなどさまざまです。なお、東京の納骨堂に限ったことではありませんが、運営主体は大きく分けると寺院・法人・自治体の３つです。
東京はいずれの運営主体の施設がありますが、自治体の場合は遺骨の一時預かりを前提にしているものです。寺院や法人などの施設の場合は、数年後に遺骨を合祀墓に移し永代供養を行うことになるのですが、自治体の場合は遺族に返還するのが一般的です。現状お墓を建てるお金がないので一時的でも良いのでお墓を持ちたい、このような人に最適な納骨堂になるわけですが、これは誰もが利用できるわけではなく抽選になっていたり居住地などの条件が設けてあってその条件を満たしていないと抽選の申し込みができないなどのケースもあります。